Il complesso ha origine nel XIII secolo. Dall’epoca rinascimentale in poi, San Domenico subì una fase di ampliamenti continui, che si conclusero solo nel 1704, quando raggiunse le dimensioni definitive attuali.
Espropriata per usi militari dal governo napoleonico, entrerà a far parte dello Stato Italiano nel 1866, venendo lentamente abbandonato a sé stesso. Nel 1978 crollarono la facciata meridionale e parte della copertura.
Negli anni Novanta si cominciò a recuperare il complesso, in un’ottica più ampia di riqualificazione dell’intero centro storico. Nel 1996, durante i primi lavori, nel refettorio furono riscoperti una serie vari affreschi ancora non studiati. Si trattano di episodi della vita di San Domenico, oltre ad una Crocifissione con Vergine e Santi, probabilmente attribuibili a un artista di inizio cinquecento.
Il progetto di recupero del complesso è ancora in corso, ma in grossa parte è già stato restituito alla cittadinanza. Oggi è diventato sede di esposizioni temporanee di interesse nazionale, oltre che nuova sede della Pinacoteca civica; in futuro sarà anche sede del museo archeologico.